Главная Обратная связь

Дисциплины:

Архитектура (936)
Биология (6393)
География (744)
История (25)
Компьютеры (1497)
Кулинария (2184)
Культура (3938)
Литература (5778)
Математика (5918)
Медицина (9278)
Механика (2776)
Образование (13883)
Политика (26404)
Правоведение (321)
Психология (56518)
Религия (1833)
Социология (23400)
Спорт (2350)
Строительство (17942)
Технология (5741)
Транспорт (14634)
Физика (1043)
Философия (440)
Финансы (17336)
Химия (4931)
Экология (6055)
Экономика (9200)
Электроника (7621)






Среди №№1-3 у нас выделится №1(6,0,0). Среди оставшихся (2,2,2) №№53-57 №№53, 54 подобны друг



-91-

другу и №№55-57. В последней порции выделением белого цвета отщепится №57. Среди №№22-27 выде-лятся еще оба (4,1,1). Останется четыре. №№24-27. Среди №№28-33 выделены (3,0,3) и (3,3,0) - их четыре. Из остатков №№28-33 и №№1-3 выделится четверка с отсутствующим белым цветом. Эту четверку №№2, 3, 32, 33 выгодно считать входящей в b4 = 4. В четверки b7 =16 войдут порции №№53-56(2,2,2); №№28-33; №№24-27; №№№1, 22, 23,.57 .

В.КЛЕТОЧНЫЕ ПОВЕРХНОСТНЫЕ РЕЦЕПТОРЫ,

ТОПОЛОГИЧЕСКИЕ ИЗОМОРФЫ КУБА И

СТРУКТУРНЫХ ТИПОВ ОКРУЖЕНИЯ КЛЕТКИ

(МОРФОГЕНЕЗ)

Хорошо известно, что большинство клеток после деле-ния приобретая новые качества, не остаются на месте. Они мигрируют к месту финальной закладки, отслежи-вая все минуемые позиции среди других клеток и узнав своё функциональное место, могут бразовать не менее 57 клонов разных структур. Очевидно, что вышеупомя-нутая раскраска при этом должне быть заменена соот-ветствующими мембранными рецепторами на гранях клеток, топологически изоморфных кубу. Эта, слегка затронутая тема, требуя глубокой проработки, в основном будет освещена в выпуске IV книги.

* * *

-92-

Рис.0,08.

-93-

Архитектура каскадной реализации линейной программы ДНК. Гомеобокс, домены и повторы, кинезины, их связь с

Диофантовой моделью роста и

Дифференцировки.

Открытие сложной, дробимой структуры гена, изу-чение нестабильных генетических элементов, транспо-зонов, интронов, спейсеров и энхансеров и т.п. элемен-тов гена [16, Л-3], наличие сложного процессинга иРНК у эукариотов и, наконец, прояснение универсальной роли гомеобокса - организатора-архитектора развития чуть ли не всех таксонов животного мира [15, Л-3] породила лавину экспериментального материала по расшифровке нуклеотидных и аминокислотных [-а.к.] последовательностей, мотивов, участков генов и отве-чающих им белковых факторов развития, многие из которых используются весьма экономным многовари-антным способом [17, Л-3].

В [21, Л-1] на основе наиболее информативных 30-ти статей сформулирована первая схема количественных связей ДМЯ с реальным и универсальным гомеодоме-ном (- по 84 известным тогда [19, Л-3] его реализациям) с численностью и функциями его доменов и с их ролью в онтогенезе одноклеточных и многоклеточных животных. Собственно, там мы провели важное первоначальное упорядочение совпадений данных опыта с теорией, необходимое в будущем для канонизированной формы такой схемы, её архитектуры, или законченного архи-тектурного ансамбля схем.



-94-

Эти схемы могут быть названы "каскадными", пос-кольку в ДМЯ существуют несколько положений или аксиом, которые помогают связывать количественно соседние иерархические уровни организации.

А. Давно используемое положение - "один пептид, один белок один фактор - одно событие" - лежит в основе одного из важных положений (-А-положение) ДМЯ : это отождествление, используемое в обе стороны - вверх и вниз по иерархии, - индуцирует перенос многих числовых динамических или временных особенностей на структурно-функциональный уровень : на s-ом вре-менном шаге должно возникнуть s разных структур (сортов клеток, белков), которые в свою очередь инду-цируют события во времени.

Б. Каждая из s стадий развития может быть разбита также на s подинтервалов: ts = ti s , так же как и

В. Числа bs, или блоки, клоны клеток разбиваются на более мелкие единицы: bs = si . При этом модель мо-жет формулироваться и на клеточном, и на блочнокле-точном или блочно-программном, а также на молеку-лярном, "ящичном" или доменном уровнях.

Г. Основные временные кванты o также могут быть размельчены или укрупнены в необходимое число раз.

Итак. Наше схема носит вынужденно феноменологи-ческий характер из-за отсутствия многих звеньев в тео-рии и опыте. Выстраивая схему каскадного запуска син-теза белков всё более низкого и детального уровня регу-ляции событиями [17, Л-3], учитывая многовариантный с расщеплением, синтез пептидов, мы оперируем при этом численностями отдельных клонов и а.к. с учетом их, например, полярного или заряженного характера [19,18, Л-3].

-95-

Гомеодомены



В этом пункте мы изложим косвенную мотивацию функциональной значимости отдельных позиций гомео-бокса, транслируемых в гомеодомены. Сама функцио-нальная значимость малых сайтов гомеодоменов (-ана-логов эклонов -, как окажется ниже) пока не расшиф-рована. Только весьма детальные модели могут поспо-собствовать необходимой расшифровке. У нас есть ре-альная надежда, что именно ДМЯ сослужит в этом клю-чевую роль. Оказалось, что выделенные в работе [21, Л-1] консервативные (по отношению к эволюции и общие для всех 83 гомеобоксов) и неконсервативные позиции, образуют все те же уже известные нам основные структуры ДМЯ : (1 5) + (36) + (16), где

36 = 91 + 92 + 93 + 94 ; 94 = 41 + 42 + 1; 16 = 41 + 42 + 43 + 11 + 12 + 13 + 14 ; хотя сайты гомеособокса, запускающие программы, не обязаны сами быть структурированными по образу и подобию будущих клонов. Но ... , к нашему удивлению, основные структуры, предсказанные ДМЯ, проявляются сквозным образом, по вертикали, по многим, если не всем, иерархическим уров-ням организации живого.

В обзоре [19, Л-3] 82 (-без дрожжей) известных гомеодомена анализируются в сравнении с доменом мухи дрозофилы (Antp Dr. melanogaster). Аминокислоты этих доменов занимают 61 позицию - им в гомеобоксе отвечают 183 нуклеотида, а две пары - в начале и конце, имеющие во введённой нами системе координат позиции "-2, -1" - в начале, и 57,58 - в конце - имеют соответственно во всех 82 доменах по 58-, 51- и 56-, 57 замен по отношение к Аntp, что принято нами за проявление слишком большой вариабильности

-96-

недавних эволюционных (-может быть, имеющих за-щитные функции?) надстроек с флангов. На остающихся 57 позициях мы можем разместить любую пос-ледовательность от 52 до 57 а.к., отвечающих возможным численностям максимально больших клонов из ДМЯ. Здесь мы остановимся на варианте из 55 позиций, что позволит нам, начиная отсчёт с 1-цы (с 4-ой позиции по [19, Л-3] ) и не фиксируя этот номер (-4-ый) жестко, закончить 55-ю позицию номером 58 по старой системе координат [19, Л-3], оставляя её левое начало плаваю-щим при использовании других вариантов ДМЯ с мак-симальным числом позиций в 56 или 57 а.к. остатков. При этом начало может прийтись на позицию "0" или "-1". Еще более просто "уложить" последовательности длиной 54-, 53-, 52- позиций.

Известно [18, Л-3], что среди 20 а.к. есть полярные - малые, большие и умеренные - а.к.: (S, G, D-, N; E-, Q, K+, R+ ; Y-,H+,W) и неполярные - большие и малые - (F, М, L, V и С-, P, A, T) -а.к. Т.е. среди них есть семь естественных в соответствующих средах заряженных а.к. Это обстоятельство в значительной степени обуславливает функциональные качества пептидов и поэтому мы выбрали долю или процент замен в 82-ух доменах на только заряженные (-из заряженных и из нейтральных в заряженные (-по отношению к Аntр) за меру отличия друг от друга всех 55-ти позиций в 82 доменах, за меру вариабильности или консервативности - при малом числе замен определённой позиции.

В выбранной таким образом 55-ке из 61-ой позиции остались все 21 а.к. консервативных позиций с №№: 3, 6, 10, 14, 18, 23, 29, 33, 36 38, 42, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 53, 54, которые заняты следующими а.к. -ми соответ-

-97-

ственно: R, Y, Q, L, F, Y, R, A, L, L, Q, K, I, W, F, Q, N, R, R, K, K. Итак, оказалось:

1. В каждой 4-ке из всех 9-к в 36-ке и в каждой 4-ке из16-ки есть хотя бы одна консервативная позиция. В последней (-42) четверке в 94 их две.


Эта страница нарушает авторские права

allrefrs.ru - 2019 год. Все права принадлежат их авторам!